これまでFedoraでBeep音を消す時に
$ modprobe -r pcspkr
でとりあえず止めて
$ sudo vi /etc/modprobe.d/blacklist
でブラックリスト開いて
modprobe pcspkr
を追加してた気がするのだけど（たぶん。インストール後に1回やるだけだから少し記憶が薄い）、「設定」→「ハードウェア」→「サウンド」を開いて「警告音のサウンドを演奏する」のチェックを外せばだいたい消えるような話を見かけた。
http://djlab.sakura.ne.jp/mydiary/?p=508
GUIでいろいろ出来るようになっているのだなぁ。でも、とりあえずCUIで覚えておいた方がディストリビューション変えた時の戸惑いが少なくて良いような気もしつつ。